Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC12.77□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms