Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
CLDN9O95484 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.96■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLDN9O95484 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.6 ms