Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCOF1Q13428 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms