Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms