Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
MSX1P28360 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
MSX1P28360 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms