Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms