Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CCDC3Q9BQI4 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms