Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP47Q96K76 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP47Q96K76 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP47Q96K76 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP47Q96K76 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP47Q96K76 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms