Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC112Q8NEF3 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC112Q8NEF3 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms