Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TRIM28Q13263 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
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