Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS54Q9P1Q0 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.56■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.54■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.52■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
VPS54Q9P1Q0 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS54Q9P1Q0 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS54Q9P1Q0 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms