Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP40Q9NVE5 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
USP40Q9NVE5 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP40Q9NVE5 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms