Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LINC00477Q96M19 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms