Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC29.01■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC29■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.99■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
SCN4AP35499 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SCN4AP35499 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SCN4AP35499 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SCN4AP35499 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms