Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
MSX1P28360 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
MSX1P28360 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
MSX1P28360 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
MSX1P28360 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
MSX1P28360 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
MSX1P28360 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
MSX1P28360 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
MSX1P28360 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
MSX1P28360 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
MSX1P28360 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
MSX1P28360 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
MSX1P28360 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
MSX1P28360 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
MSX1P28360 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
MSX1P28360 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
MSX1P28360 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
MSX1P28360 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
MSX1P28360 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
MSX1P28360 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
MSX1P28360 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
MSX1P28360 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
MSX1P28360 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
MSX1P28360 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
MSX1P28360 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
MSX1P28360 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
MSX1P28360 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
MSX1P28360 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
MSX1P28360 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
MSX1P28360 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
MSX1P28360 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSX1P28360 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSX1P28360 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSX1P28360 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
MSX1P28360 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
MSX1P28360 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
MSX1P28360 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1177.5 ms