Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TNFP01375 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TNFP01375 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFP01375 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFP01375 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFP01375 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFP01375 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TNFP01375 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
TNFP01375 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TNFP01375 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
TNFP01375 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TNFP01375 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFP01375 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFP01375 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFP01375 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFP01375 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFP01375 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TNFP01375 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFP01375 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFP01375 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFP01375 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
TNFP01375 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TNFP01375 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFP01375 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFP01375 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFP01375 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TNFP01375 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TNFP01375 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFP01375 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFP01375 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
TNFP01375 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
TNFP01375 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFP01375 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFP01375 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFP01375 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.5 ms