Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
VPS39Q96JC1 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms