Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD6-204ENST00000376666 2100 ntTSL 516.07■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFV1-209ENST00000527355 679 ntTSL 216.06■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFV1-226ENST00000533919 774 ntTSL 316.06■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF445-204ENST00000474600 877 ntTSL 1 (best)16.06■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP4-212ENST00000486549 749 ntTSL 516.05■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-212ENST00000568968 461 ntTSL 216.04■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-209ENST00000451743 1582 ntTSL 1 (best)16.02■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNASE1L1-209ENST00000432135 847 ntTSL 516.02■□□□□ 0.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1orf159-209ENST00000462097 836 ntAPPRIS ALT2 TSL 316■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLOD3-208ENST00000460132 578 ntTSL 316■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC110285.1-204ENST00000574041 566 ntTSL 515.99■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAJC3-AS1-202ENST00000606011 401 ntTSL 315.98■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNLS-204ENST00000466945 812 ntTSL 315.98■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT3-201ENST00000330796 2530 ntTSL 1 (best)15.98■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-205ENST00000553695 564 ntTSL 415.95■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ELP4-209ENST00000638384 576 ntTSL 515.93■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCD-216ENST00000574886 883 ntTSL 515.93■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-211ENST00000556954 697 ntTSL 515.92■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLOD3-205ENST00000440925 536 ntTSL 415.92■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C20orf204-203ENST00000444463 4303 ntTSL 1 (best)15.9■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB35-203ENST00000538903 643 ntTSL 315.9■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHST12-203ENST00000432336 921 ntTSL 215.9■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-204ENST00000474968 928 ntTSL 215.9■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC23A2-204ENST00000468355 1934 ntTSL 1 (best)15.9■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FRMD4A-201ENST00000264546 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 215.88■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SHOC2-205ENST00000489390 815 ntTSL 515.87■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SDHA-218ENST00000515752 1809 ntTSL 515.86■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-209ENST00000519591 1007 ntTSL 515.83■□□□□ 0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-209ENST00000466671 565 ntTSL 415.82■□□□□ 0.121e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 TPCN1-220ENST00000552542 828 ntTSL 515.82■□□□□ 0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPR89B-204ENST00000478307 2633 ntTSL 215.81■□□□□ 0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-207ENST00000461389 1035 ntTSL 215.81■□□□□ 0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.119e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.111e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPTN-207ENST00000564551 586 ntTSL 315.75■□□□□ 0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-204ENST00000524584 550 ntTSL 415.74■□□□□ 0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IMP4-207ENST00000460100 721 ntTSL 315.72■□□□□ 0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD6-217ENST00000485936 2588 ntTSL 215.69■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MCAM-202ENST00000524940 206 ntTSL 315.69■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPP2R1B-211ENST00000534500 582 ntTSL 215.68■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 JAG2-204ENST00000553051 768 ntTSL 315.68■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DAB2-203ENST00000502388 556 ntTSL 315.68■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-240ENST00000638802 1505 ntTSL 515.68■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-208ENST00000571580 594 ntTSL 315.67■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL9-211ENST00000506830 1978 ntTSL 1 (best)15.64■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-271ENST00000640431 2037 ntTSL 515.63■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-208ENST00000437266 3407 ntTSL 1 (best)15.63■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLD3-214ENST00000492243 710 ntTSL 215.62■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYL6B-201ENST00000405661 1258 ntTSL 215.61■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOMM40L-206ENST00000474486 2396 ntTSL 215.6■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACCS-206ENST00000527603 960 ntTSL 1 (best)15.6■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AFDN-212ENST00000476946 867 ntTSL 215.6■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC1-207ENST00000520326 647 ntTSL 515.59■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-209ENST00000567626 350 ntTSL 515.59■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-206ENST00000420982 614 ntTSL 315.59■□□□□ 0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-211ENST00000637323 2165 ntTSL 515.55■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-277ENST00000640735 2060 ntTSL 515.55■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMAD7-206ENST00000588190 401 ntTSL 515.55■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAPLN-204ENST00000554314 707 ntTSL 315.55■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-211ENST00000568117 521 ntTSL 315.55■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-214ENST00000569572 578 ntTSL 315.51■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1250.1 ms