Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HPS3Q969F9 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HPS3Q969F9 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms