Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 YIPF7-202ENST00000415895 1196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AC132872.1-201ENST00000566986 1195 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
HLA-CQ95604 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
HLA-CQ95604 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms