Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SDC1P18827 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms