Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms