Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms