Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HIF3AQ9Y2N7 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HIF3AQ9Y2N7 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.6 ms