Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 ZNF516-201ENST00000443185 8118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
RPUSD4Q96CM3 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
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