Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms