Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LINC01551-203ENST00000550266 455 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC017007.3-201ENST00000479865 435 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms