Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCDC112Q8NEF3 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms