Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms