Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
CUX1P39880 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CUX1P39880 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms