Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
ATG4BQ9Y4P1 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms