Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
KLHL28Q9NXS3 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms