Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
TDP1Q9NUW8 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TDP1Q9NUW8 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TDP1Q9NUW8 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
TDP1Q9NUW8 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TDP1Q9NUW8 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
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