Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
LINC00477Q96M19 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LINC00477Q96M19 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LINC00477Q96M19 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms