Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX2P35548 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX2P35548 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX2P35548 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX2P35548 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX2P35548 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX2P35548 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX2P35548 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX2P35548 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX2P35548 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX2P35548 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX2P35548 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX2P35548 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX2P35548 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX2P35548 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX2P35548 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX2P35548 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX2P35548 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX2P35548 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX2P35548 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX2P35548 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX2P35548 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX2P35548 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX2P35548 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX2P35548 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX2P35548 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms