Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.08
SNHG28P0DPA3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SNHG28P0DPA3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SNHG28P0DPA3 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SNHG28P0DPA3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms