Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SHOX2O60902 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SHOX2O60902 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SHOX2O60902 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms