Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms