Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms