Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SP140Q13342 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
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SP140Q13342 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SP140Q13342 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SP140Q13342 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SP140Q13342 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SP140Q13342 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
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