Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMA1Q9UHB6 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMA1Q9UHB6 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms