Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms