Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP54Q70EL1 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
USP54Q70EL1 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms