Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD3Q12873 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
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