Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms