Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC9Q9Y3X0 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms