Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
RPUSD4Q96CM3 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms