Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms