Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
SDC1P18827 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
SDC1P18827 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
SDC1P18827 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms