Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59 ms